システム基盤としてよく利用されるのがトムキャットやJettyなどのオープンソースプロジェクトです。規模が大きい場合には市販のWeblogicやWebsphereもよく利用されるようです。Jettyは１９９５年から開発がスタートしたオープンソースプロジェクトです。WEBサーバの機能も持っており、Javaを使ったアプリケーションを作る際には安定したアプリケーションサーバとして利用することができます。
システム基盤としても冗長性や障害対応などが充実しています。ただし、ある程度大きなシステムの場合はトムキャットとアパッチを利用したシステムとなることが多いようです。トムキャットもJettyと同様にオープンソースプロジェクトですが、Jettyに比べて重い処理、接続数が多い処理に向いていると言われています。ただし、Jettyの進化もはやく、Google社のクラウドシステムにも採用されるほどの実績も上がってきています。
Jettyとトムキャットをどちらを選ぶかはアパッチとの連携を行なうかで考えても良いようです。Jettyもアパッチとの連携はできるのですが、アパッチプロジェクトの一員であるトムキャットのほうが連携機能については開発が早く、安定していると考えられています。また、トムキャットはJavaのエンタープライズ機能を率先して取り込むのですが、Jetty側は比較的軽量路線をとっていることから使えないライブラリもあるようです